สมศักดิ์ สุวรรณสุจริต เริ่มรับราชการในสังกัดกรมการปกครอง กระทรวงมหาดไทย จนได้รับตำแหน่งนายอำเภอแวงน้อย จังหวัดขอนแก่น ในปี พ.ศ. 2534 ต่อมาได้ย้ายไปรับตำแหน่งนายอำเภอลอง อำเภอเชียงคำ อำเภอตะพานหินเป็นลำดับ ในปี พ.ศ. 2541 ได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้อำนวยการกองวิชาการและแผนงาน กรมการปกครอง เป็นผู้อำนวยการสำนักบริหารการปกครองท้องที่ ในปี พ.ศ. 2544

ในปี พ.ศ. 2546 ได้รับการแต่งตั้งเป็นรองผู้ว่าราชการจังหวัดนครราชสีมา เป็นรองอธิบดีกรมป้องกันและบรรเทาสาธารณภัย และรองผู้ว่าราชการจังหวัดพะเยา กระทั่งปี พ.ศ. 2551 จึงได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้ว่าราชการจังหวัดน่าน เป็นรองอธิบดีกรมการปกครอง และผู้ว่าราชการจังหวัดหนองบัวลำภู ในปีถัดมา

พ.ศ. 2553 ได้ย้ายไปรับตำแหน่งผู้ว่าราชการจังหวัดศรีสะเกษ โดยมีผลงานเป็นที่รู้จักของสื่อมวลชน[3] จากการลงพื้นที่ในช่วงที่เกิดเหตุปะทะตามแนวชายแดนไทย-กัมพูชา เดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2554 ต่อมาในปลายปีเดียวกัน จึงได้รับแต่งตั้งเป็นผู้ว่าราชการจังหวัดกาฬสินธุ์ หลังจากนั้นประมาณ 1 ปี จึงได้มาเป็นผู้ว่าราชการจังหวัดขอนแก่น [4] ต่อมาในปี พ.ศ. 2557 ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้ตรวจราชการกระทรวงมหาดไทย [5]

ในปี พ.ศ. 2558 ได้รับแต่งตั้งให้เป็นผู้ว่าราชการจังหวัดระยอง

พ.ศ. 2561 ได้รับโปรดเกล้าฯ ให้ นายสมศักดิ์ สุวรรณสุจริต เป็นผู้ตรวจการแผ่นดิน ประกาศ ณ วันที่ 18 พฤศจิกายน พุทธศักราช 2561 เป็นปีที่ 3 ในรัชกาลปัจจุบัน